ミッション
情報科学の深い知見と高度なソフトウェア開発技術を核とし、多様な分野の専門家との協創、ならびに実践的な技術支援を通じて、医療・創薬分野をはじめとする科学技術の進歩に貢献し、社会全体の発展を目指します。
AccelCLSが提供する価値
AccelCLSは創業者１人体制で運営しています。お客様との密な連携を図り、迅速かつ柔軟な対応で、個別の課題解決に集中的に取り組みます。
AccelCLSの強みは、情報科学全般にわたる広範な知識と、高度なソフトウェア開発技術の両面にあります。これらを組み合わせることで、データ解析からシステム構築、アルゴリズム開発に至るまで、一貫したアプローチで課題解決に取り組み、お客様の目標達成を支援します。
医療・創薬・材料開発など、多様な分野の専門家との連携を重視します。各専門知識とAccelCLSの技術力を組み合わせることで、効果的な課題解決と新たな価値の創出を目指します。
ソフトウェアや解析結果の提供に加え、お客様が技術や知見を最大限に活用し、自律的に成果を創出できるよう、実践的な技術指導や教育研修を通じて支援します。
創業者経歴
情報科学の技術を医療・創薬分野に応用することを目指し、アカデミアと産業界で経験を積みました。これまでに、多様な分野の専門家との協業を通じて、以下のような実績を重ねてきました。
- 部分構造検索エンジンの開発（処理時間を20分から0.1秒未満に短縮）
- 質量分析装置からのデータ抽出処理（処理時間を4分から0.1秒未満に短縮）
- Excel管理データのデータベース化と検索システムの開発（作業時間を2週間から数秒に短縮）
- 国際標準化糖鎖構造表記法WURCSの開発（2年間開発が難航していたシステムを3ヶ月で完成）
- 国内企業との共同研究（企業で10年かけて開発されたシステムを3日間で再構築）
- 国内企業での開発（処理時間を3日から数秒に短縮、メモリ使用量を1/100に低減）
職歴
株式会社ゼウレカ (2022年9月 - 2025年4月)
テックリード
主な業務:
- 並列計算環境を活用した機械学習基盤の構築
- Tokyo-1（データリポジトリ整備、OSS実行環境の構築）
コンピュータサイエンスの知見の活用:
- 各種計算の高速化（3日→数秒、数週間→数分）
- メモリ使用量の大幅な削減（1/100程度に削減）
機械学習の知見の活用:
- 先行研究と比較して1/6程度のデータセットで同程度の性能を達成
開発言語、インフラなど:
- 計算インフラ：Azure、AWS、Tokyo-1
- フロントエンド：REACT、KNIME
- バックエンド：Python、FastAPI
- 並列計算関連：slurm
- 仮想化：miniconda、docker、singularity
東京大学 大学院工学系研究科 化学システム工学専攻 船津研究室 (2017年4月 - 2021年3月)
助教
研究:
- 国内の化学系メーカーとの共同研究（30社程度）
- 機械学習手法に関するコンサルタント
- 石油化学プラントにおける生産物の濃度予測
- 水処理施設における処理膜のつまり予測
- 廃棄物焼却発電所における発電量予測
- 無機材料の成分予測
- 有機・無機材料設計
- スペクトル解析
教育:
- 研究室学生の研究指導（2017年度17名、2018年度20名、2019年度19名、2020年度11名）
- 全学ゼミ：水溶解度予測を対象とした機械学習演習（学生5名）
- 全学ゼミ：目的の物性・活性を持つ化学構造生成プログラムの開発（学生26名）
- コンピュータ化学演習：C、Fortran（2017年～2018年）
- コンピュータ化学演習：Python、機械学習（2019年～2021年）
- 演習用テキスト(115ページ)の執筆：Python基礎、Numpy、Pandas、Matplotlib、RDKit、scikit-learn、PLS、SVM、SVR、RandomForest、Gaussian Process、実験計画法等
- プラクティススクール：企業が抱えている課題を学生、企業、教員で共同して取り組みました
計算環境の管理:
- 並列計算機の管理・運用・利用講習
- 計算資源の増強に伴うハードウェアの選定
- ジョブスケジューラの導入
東京大学 大学院工学系研究科 化学システム工学専攻 船津研究室 (2014年11月 - 2017年3月)
特任研究員
研究:
- 国内の化学系メーカーとの共同研究、コンサルタント（30社程度）
- 石油化学プラントにおける生産物の濃度予測
- 水処理施設における処理膜のつまり予測
- 無機材料の成分予測
- 有機・無機材料設計
- スペクトル解析
計算環境の管理:
- 並列計算機の管理・運用・利用講習
- 計算資源の増強に伴うハードウェアの選定
- ジョブスケジューラの導入
京都大学 iPS細胞研究所 情報管理室 (2014年4月 - 2014年10月)
研究員
業務内容:
- iPS細胞研究とその医療応用の推進に必要な情報処理ソフトや処理システムの開発研究
- 計算機利用の技術指導および研究支援
- SINET L2VPNを用いた拠点間ネットワーク構築
京都大学 iPS細胞研究所 増殖分化機構研究分門 藤淵研究室 (2013年4月 - 2014年3月)
研究員
研究:
- 細胞データベースSHOGoiNの移植作業を担当
- Ajaxを導入しレスポンスの向上および、リファクタリングを実施
- 自己組織化マップを用いた細胞分類
- Rを用いた各種統計解析をWEB上から利用可能な仕組みを構築し、研究所内のイントラネットで提供
- ヒト細胞データベース開発
- 海洋生態系データベース開発
国際標準化糖鎖構造表記法 WURCS の開発 (2012年12月 - 2013年3月)
所属:
- 野口研究所 糖鎖有機化学研究室 (契約研究員: 2012年12月～2013年1月)
- 産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター マーカー探索技術開発チーム (特別研究員: 2013年2月～2013年3月)
業務内容:
- 糖鎖構造を国際標準形式の文字列に変換するソフトウェア「WURCS」の開発に従事。
- 研究グループ内で2年間開発が難航していた同システムを約3ヶ月で完成させました。
関連情報:
理化学研究所 ケミカルバイオロジー研究基盤施設 (長田抗生物質研究室) (2010年4月 - 2012年8月)
研究員
組織:
- 主に微生物が生成する化合物を対象にした創薬の研究を行っているグループ
- 在籍者は約70名（情報系研究者2名、他は実験系研究者）
業務内容:
- 実験系研究者の抱える各種課題を情報科学的アプローチを用いて解決しました
- Excel形式のファイルで実験結果が保存されていたため、実験結果の統合作業に2週間程度の作業時間を要していました。イントラネット上で実験結果の登録および検索が可能なWebベースのシステムを構築し提供したところ、2週間かかっていた作業が数秒で終わるようになりました
- 天然化合物バンクNPDepoの運営
- 天然化合物データベースNPEdiaの開発
- 分析化学データベースNPPlotの開発
- 細胞形態変化データベースMorphobaseの開発
トヨタグループ基幹CAD/CAEシステムの開発 (2002年9月 - 2004年8月)
ソフトウェアエンジニア
所属:
- 株式会社カオステクノロジー (2002年9月～2002年12月)
- 個人事業主 (2003年1月～2004年8月)
業務内容:
株式会社トヨタコミュニケーションシステムに常駐し、トヨタグループで利用される基幹CAD/CAEシステムの開発に従事。
- UNIX環境からWindows環境へのシステム移植
- 32bitアプリケーションの64bitアーキテクチャへの対応
- 既存システムの不具合修正・機能改善
- グループ企業へのシステム納品・導入支援
得られた経験:
- 十数年にわたり開発・保守されてきた大規模なC言語ベースのソフトウェア開発プロセスを経験しました
- 各種移植作業を通じて、メモリ使用効率を意識したプログラミング技術を習得しました
学歴
豊田工業大学 大学院工学研究科 生産基礎工学専攻 修士課程 (2002年3月 中途退学)
- 成績優秀者を対象とした、学費全額免除に採用されました。 (成績証明書)
- 医療や創薬に貢献するため、中途退学をしました。
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 情報生命科学専攻 博士前期課程 (2007年3月修了)
修士（工学）
修士論文: 構造情報に基づいたメタボライト分類支援システムの開発
- 部分構造検索エンジンの実装
- インタラクティブに操作可能な化合物検索GUIの実装
- 同一フレームワーク（化学構造から側鎖を除去した骨格）を持つ化合物間の代謝経路予測
- 修士論文はこちら
学業:
- ほぼ全科目を取得し、1年間で短期終了をしました。(優:27科目, 可:1科目) (成績証明書)
共同研究:
- かずさDNA研究所からの依頼で、質量分析装置からデータを取得する処理を高速化し、処理時間を4分から0.1秒未満に短縮しました。
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 情報生命科学専攻 博士後期課程 (2010年3月修了)
博士（工学）
博士論文：部分グラフの包含関係に着目した代謝経路予測手法の提案
- 代謝経路予測の対象を側鎖も含んだ化学構造全体に拡張
- 先行研究で15,050化合物中3.34%の予測に留まっていたのに対し、34,653化合物を対象にして2週間程度で予測を完了させた。
- 自己組織化マップのアルゴリズムを応用した代謝経路レイアウト手法の提案
- 博士論文はこちら
共同研究:
- 研究の過程で開発した化学構造の部分構造検索エンジンを理化学研究所 長田抗生物質研究室に提供しました。
- 従来20分かかっていた検索時間を0.1秒未満に高速化することができました。
- 同プログラムは質量分析学会の公式データベースにも利用されているMassBank等にも採用されました。
- その他、漢方薬の組成解析、質量分析データの解析等多くの共同研究に参画しました。
関連情報:
会社概要・沿革
| 会社名 | 合同会社AccelCLS |
| 法人番号 | 2013303007675 |
| 設立日 | 2025年5月14日 |
| 出資金 | 100万円 |
| 代表社員 | 田中 健一 |
| 所在地 |
〒170-0013 東京都豊島区東池袋2丁目62番8号 BIGオフィスプラザ池袋 1206 （GMOオフィスサポート バーチャルオフィス利用） |
| 事業目的 |
|
沿革
| 2025年5月14日 | 合同会社AccelCLSを設立 |
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